総司令部の最大の目標は、世界の脅威となる日本の軍事力を解体することであり、軍国主義を廃した民主的な国家を作ることにあった。マッカーサーはこれを『上からの革命』と称した。また、マッカーサーは後に、「当初は日本を工業国から農業小国に転換し、アメリカの市場とするつもりだった」と述べている。　俳優の小泉博は大卒後NHKのアナウンサーに応募したきっかけとして、このGHQによる「農業国化方針」で将来に不安を感じたことがあったと述べていて、当時の日本人のよく知るものではあったようである。 民主化や農地改革、財閥解体などは、戦前に北一輝が発表していた「日本改造法案大綱」との類似点・共通点が多く見られる。当初GHQの主導権を握っていた幕僚部民政局により策定・実施が進められた。冷戦の兆しが現れ始めてからは、参謀部第2部（G2）に主導権が移り、いわゆるレッドパージなどが行われる。