2004年12月18日以前は利用する店舗や口座によって取引制限などもあったが、現在はシステム統合が完了しているので全店舗で同様の取引ができるようになっている。また、システム統合の完了に伴い、全店舗で2002年3月29日迄に旧富士銀行の店舗で発行された通帳は全て利用できなくなった。また、みずほ銀行になってから発行された一部の●マークの通帳も利用できなくなっている。これらの通帳は現在、有人店舗（一部店舗を除く）に設置してある通帳記帳繰越機では切替ができないので、窓口で新しい通帳への切替が必要である。

また、店舗の統廃合によって廃止された店舗の跡地にATMコーナーだけ残されているところも存在する。それらは窓口だけ閉めてATMコーナーだけを稼動させているところと、建物を解体して新たにATMコーナーを設置するところとある。