同国に対するなどに繋がる」と批判している。

1972年に当時の美濃部亮吉東京都知事が「外交機関に準ずる機関」として認定して以来、多くの自治体が朝鮮総聯の施設を事実上の外交機関や公共施設に準ずるものとみなして、長らく固定資産税や不動産取得税の減免措置を行ってきた。これは万が一、国交正常化した暁には「朝鮮大使館」として使われるであろうとの指摘があったためとされていた<ref>毎日新聞2007年6月14日朝刊</ref>。

しかし、朝鮮総聯の関連施設にはその所有者の大半が関連企業（朝鮮総聯が法人ではないため）であったり、外交とは無関係なものがあるなどとして、2003年に東京都は方針を変更、これらの一部について固定資産税を課すこととした。他の自治体にもこれに追随して固定資産税の減免を解除する動きがある。一方、従来通り継続する自治体もある。こうした措置に対して朝鮮総聯や一部の法学者は反発し、行政訴訟で争われている。この固定資産税などの減免措置を巡っては、「北朝鮮に拉致された日本人を救出する熊本の会」の加納良寛会長が熊本市長を相手取り、朝鮮総聯施設への課税減免措置の無効確認を求めた訴訟を起こしており、2006年2月2日に福岡高裁が、「朝鮮総聯の活動に公益性はなく税の減免措置は違法である」とする判決を出した。熊本市長はこれを不服として上告したため、最終的な決着は最高裁に委ねられることになった。

また防衛庁（現：防衛省）からのミサイルデータの流出に関与した疑いがあると報じられた。朝鮮総聯側はこれを受けて、事実を歪めた報道としている。