イスラーム法の機械的適用を行った場合、エジプト内のコプト教徒はズィンミーとして厳しい差別と抑圧に苦しまざるを得ない。実際にムスリム同胞団が国内のコプト教徒に対してジズヤの支払いを求めたこともあった。ゆえに多くのコプト教徒はムスリム同胞団を敵視している。また「穏健」な当団体とは異なり、コプト教徒のジェノサイドや追放も辞さないジハード団などの組織もある。