そごう神戸店も本館が半壊した部分の解体撤去（この撤去した部分が現在のサンファーレ広場となっている）を含めた復旧工事の末、1996年4月28日に全館オープンした（新館と本館地階はそれ以前から再開していた）。大丸神戸店は、本館の3階部分が倒壊したために取り壊して新館として再建。西館についても全面改装を施して1997年3月に復興グランドオープンした。

一方で、三宮阪急は、入居していた神戸阪急ビル東館の上層階が崩落する全壊のため解体撤去することとなり震災5日後に閉店に追い込まれたのちに、ついに再開されることはなかった（ただし、震災前の1992年に神戸ハーバーランドに神戸阪急が開店している）。神戸デパートも、被災をきっかけに閉店した。

やや離れた大阪市でも北浜の三越大阪店の本館が被災して解体され、売場面積を大きく減らした。これが10年後の2005年に閉店する一因となった<ref>三越大阪店、5日閉店…315年の歴史に幕</ref>。