神戸港には、フェリーなどが四国・九州方面を中心に多く発着していたが、各発着所が壊滅的な損害を受けて使用不能に陥ったため、一時的に大阪南港などに発着地を変更して運航されていた。陸上輸送が麻痺状態に陥っていたため、四国・九州方面とを結ぶメインルートとして機能した。 また、大阪-神戸間、神戸-西宮間など短距離の臨時航路も設けられ、代替交通機関として利用された。