日本瓦を使い、基礎が石に柱を載せただけで、筋交いの少ない老朽化した木造住宅でも多くの死者が出たため、以降、神戸においては新築の瓦屋根はほとんどみられなくなった。日本の伝統構法の流れを汲む木造軸組構法の住宅に被害が集中し、新しい住宅においても筋交いなどが不十分であった物件は大きな被害を受けている。坂本功著の『木造建築を見直す』という書において「死亡者のうち5,000人近くは、軸組構法の住宅の下敷きによって圧死した」と述べている。しかし重要なのは、「構造的に問題のある建築に瓦屋根のものが多かった」ことにも拘らず、一般的には「瓦が重いから問題」であると誤解され、地震以降、関西では瓦屋根が少なくなってしまった。

古い木造住宅は年月の経過によって乾燥している点や、耐火材を使っていないなどの理由による火災の被害も多い。これは、神戸地区の木造住宅は、地震よりも台風に対応した木造住宅であり、振動に弱く瓦部分が重かったことにも起因している。なお、筋交いを多く入れてある木造住宅においては耐震性も十分にある。また、同じ木造住宅でも、プレハブやツーバイフォー（木造枠組壁構法）と呼ばれる構法の住宅が耐震性を示している。3階建住宅の被害も殆どなかった。 また、震災直後から始まったハウジングメーカーの、自社物件の安全性をアピールする広告の数々は、人々の不安感を煽り、ユーザー不在の建築業界の実態を浮き彫りにすることとなった。