「鹿児島」という名の由来は、野生の鹿の子（鹿児）が多く生息していたからとか、多くの水夫（かこ）が住んでいたから、火山を意味するカグという言葉から由来した等諸説ある。さらに、神話から来たという説もあり現在でもどれが正しいか確定していない。しかし、「カゴ」は崖という意味の古語であり、桜島の四方が崖になっていたので島名を鹿児島（麑嶋）と称する様になり、それが対岸の神社名（鹿児島神宮）として定着し、更には郡名に拡大したという説が有力である。

都市としての始まりは、島津家第6代当主島津氏久が東福寺城（鹿児島市清水町）を居城にしたとき（1340年頃）とみられる。1549年（天文18年）、フランシスコ・ザビエルが現在の市域に当たる場所（祇園之洲町）に上陸し、日本初のキリスト教伝来の地となる。

19世紀の中頃にはヨーロッパの機械文明を取り入れた研究が進み、第28代当主島津斉彬のもと集成館（現・尚古集成館）事業として反射炉や溶鉱炉が造られ、日本における近代工業化の発祥の地となり、近代日本の黎明期、明治維新において政治家、官僚、軍人等数多くの人物を輩出し、近代日本建設の礎となる。

中心市街地は、薩英戦争による砲撃、西南戦争による戦火、第二次世界大戦の空襲と三度も壊滅的打撃を蒙ったため、城下町としての面影は殆ど残っていない。