1897年（明治30年）、九州鉄道が現在の長崎市内で最初の路線を開業した時に「長崎駅」として開設されたのは隣の現浦上駅であった。その7年後に路線が市中心部側へ延伸されて現長崎駅が開業、それまでの初代の長崎駅が浦上駅に改称された。 現在の長崎駅は長崎本線の終着駅であり、旅客ホームの線路はすべて車止めが設けられて行き止まりとなっているが、その先に線路が伸びていた時代があった。昭和初期から末期まで、長崎駅から南に約1.1km行った所に上海航路連絡のための長崎港駅（ながさきみなとえき）があったためである（長崎 - 長崎港駅間は長崎本線であるが通称を臨港線と呼んでいた）。戦後は旅客列車の運行はなく、同駅までの区間は1987年（昭和62年）に正式に廃止された。