立体交差事業に伴い、長崎市が2008年度の事業認可を目指している長崎駅周辺約19ヘクタールの再開発。この事業では新駅舎の東口、西口前の両広場、周辺道路、さらに長崎電気軌道本線を現在の路線から分岐して長崎駅構内に引き込むトランジットモール用地が整備される。長崎駅前の国道202号線の渋滞緩和、長崎電気軌道長崎駅前電停のバリアフリー実現等が期待されている。

一連の事業は着手から完成まで15年程度が見込まれている。