長崎オフレールステーション（略称：長崎ORS）は、JR貨物長崎駅に属し、構内西側（長崎運輸センターの西側）にあるコンテナ集配基地である。コンテナ貨物（12フィートコンテナのみ）を取り扱っており、貨物列車代替のトラック便がここと鍋島駅の間で1日14往復運行されている。

1999年（平成11年）までJR貨物長崎駅は貨物列車の発着があったが、廃止され自動車代行駅となった。なお、2006年（平成18年）4月より、コンテナ基地の名称がオフレールステーションとなっている。

列車廃止以前は、2面のコンテナホームや複数の荷役線を有し、駅南側の埠頭にあった魚市場への線路も存在していた。魚市場から鮮魚を輸送するため、鮮魚貨物列車「ぎんりん」（大阪市場駅行き、ただし同駅廃止後は梅田駅行き）や「とびうお」（東京市場駅行き）なども運行されていた。現在は、魚市場の移転に伴い埠頭の線路はすべて撤去され、コンテナ基地として使用されていないホームは駐車場に転用されている。