長崎本線のには非対応）が設置されている。駅自動放送はなく、駅員（昼間は女性駅員、夜間は男性駅員が放送している）がマイクによる肉声で放送を行っている。

なお、当駅からの最低区間の乗車券は浦上までの160円だが、自動券売機では購入できない（浦上駅周辺へ行く人は路面電車またはバスを利用する人が大半で、JRを使う人がほとんどいないため）。購入する場合には改札の係員に申し出る必要があり、その際には簡易業務委託駅にて使用される補充券の形式で発券される。また、自動券売機では諫早乗り換えの島原鉄道連絡乗車券も購入できる。

自動改札機の前と3・4番のりばへ向かう通路にLED式発車案内がある。長与駅止まりの列車は「長与まで」と表示される（隣の浦上駅も同様）。時刻表には発車する列車の時刻のほか、到着列車の時刻とそのホーム、始発駅も表示されている。時刻表は自動券売機横、待合室内、みどりの窓口内の計3か所に設置されている。

2008年3月のダイヤ改正をもって、九州外へ向かう定期旅客列車はなくなった。