防衛書記官（ぼうえいしょきかん）は、自衛官以外の防衛省職員（文官）の官名のひとつ。防衛省設置法（昭和29年法律第164号）第10条第1項に基づき、内部部局（内局）に置かれる。

防衛省設置法上は単に「書記官」であるが、辞令等では「防衛書記官」と称されていて、防衛庁時代は、「防衛庁書記官」と呼ばれていた。

防衛書記官は、防衛省設置法第10条第2項において、「命を受け、事務をつかさどる」と規定されている。同条第4項により、防衛書記官は内部部局の課長又は国家行政組織法第21条第3項（局次長）若しくは第4項に規定する職（中二階級・課長級の総括整理職及び課長級分掌職）のいずれかに充てられるとされており、他の中央省庁における本府省庁の課長級以上、局長級未満の事務官・技官に相当する。自衛官においては、将補・1佐に相当する。

なお、2009年（平成21年）6月3日に公布された「防衛省設置法等の一部を改正する法律」（平成21年法律第44号）において、防衛参事官を廃止し、防衛大臣補佐官制度を新設することが盛り込まれた。この改正法の施行後は、現在は防衛参事官が充てられている官房長および局長には防衛書記官が充てられる。施行期日は、同改正法の公布の日から6か月以内の日とされ、具体的には別途政令で定められる。

防衛書記官は防衛省本省の内部組織に属する防衛省職員に限られるため、地方協力本部、地方防衛局、防衛大学校や防衛医科大学校といった防衛省の施設等機関、特別の機関、地方支分部局に異動した際には、転任、あるいは昇任したときでも防衛事務官あるいは防衛技官に転官する。