藤井健次郎（ふじい けんじろう、慶応2年10月5日（1866年11月11日） - 昭和27年（1952年）1月11日）は、日本の植物学者。

石川県金沢生まれ。東京帝国大学生物学科卒業、1901年からドイツ、英国に留学、植物形態学、細胞学を学び帰国。1911年（明治44年）東京帝大教授。1918年、日本初の遺伝学講座の新設にあたり、細胞遺伝学を研究し、1929年、専門誌「キトロギア」を創刊した。1950年に文化勲章受章。