脊索（せきさく）は全ての脊索動物の胚で見られる柔軟な棒状体である。これは中胚葉由来の細胞から構成され、胚の初期の軸を規定する。下等な脊椎動物では一生にわたって体の主軸を支えるが、高等な脊椎動物では脊椎と置き替わる。

これの出現は神経管と同期している。神経溝の腹側の内胚葉は軸方向に肥厚する。この肥厚は溝を作り、その縁が近づいていき、内胚葉から分離して細胞の棒状の塊（脊索）となる。一般的には脊索は、神経系を誘導する形成体であると考えられている。

高等脊椎動物では将来の脊椎の全ての長さを通して延び、中脳の前端まで届き、そこで将来の蝶形骨の鞍背となる領域で鉤様になって終わる。脊索は始め神経管と卵黄嚢の内胚葉の間にある.しかしすぐに、内側へ成長しそれを囲む中胚葉によって分離される。神経管と脊索を囲む中胚葉から、頭蓋骨と脊椎、そして脳膜と脊髄が発生する。