種子（しゅじ）とは密教において、仏尊を象徴する一音節の呪文（真言）。種子真言（しゅじしんごん）ともいう。梵名はビージャークシャラ（बीजाक्षर 1）。

また、これを梵字で表記したものは種子字（しゅじじ）と言う。また種字（しゅじ）とも略称し、一般にはこの「種字」という表記が多用される。これは通常一文字で表記されるが、極めて稀に閉音節の物があり、この場合は二文字で表記される。

種子の例を挙げると、वं（vaM）は金剛界大日如来、ह्रीः（hriiH）は阿弥陀如来、स（sa）は聖観音、हां（haaM）は不動明王、सु（su）は弁才天を象徴するものである。種子は梵字の神秘的解釈（悉曇五十字門）から作られるほか、その仏尊の真言から一文字取ったり、仏尊の梵名の頭文字を取って作ることも多い。

これら種子は、密教の修法において本尊となる仏を想起するためのシンボルとなるので、これを植物の種に譬えて種子という。

また護符や曼荼羅などに、仏尊の絵姿の代わりに種子を書くことも多い。 これには、絵姿を描くより梵字で済ませた方が手間がかからないという実用的な意味もある。