特別会計（とくべつかいけい）とは、国または地方公共団体の官庁会計において、一般会計とは別に設けられる、独立した経理管理が行なわれる会計のことをいう。略称は「特会（とっかい）」。

各特別会計ごとに予算をもち、一般会計における単一予算主義の原則に対する例外となっている。単一予算主義の原則とは、国・地方公共団体の会計について、すべての歳入・歳出などを単一の会計で経理する原則をいう。しかし、特定の歳入（特定の税収・登記印紙などの特定財源、財政投融資資金、特別公債・政府証券など）をもって特定の事業を行なう場合、この原則に固執すると、かえって個々の事業の収支損益や資金管理などが不明となり、好ましくない場合がある。そのようなことを避けるため、例外的に一般会計から切り離して独立の会計を設けて経理を行うのが特別会計である。もっとも、一般会計から特別会計への繰り入れもあるため、完全に独立しているわけではない。