特別の機関（とくべつのきかん）とは、内閣府、各省、及びこれらに外局として設置されている委員会または庁に、特に必要がある場合に設置される機関の総称である<ref>内閣府設置法第3章第3節第5款・第56条、国家行政組織法第8条の3</ref>。「の」を省いて「特別機関」と略する例はなく、必ず「特別の機関」と称される。

専門色が強く相当の規模を要する行政分野で「省」に格上げするほどでないものは「庁」として設置されるが、外局である「庁」とするまでに至らない「準外局」的な組織を設置したいときにこの「特別の機関」とすることが多い。このほか、委員会・審議会など合議制機関のうち特に重要なものを高い格付けにするために特別の機関とする例もある。