性染色体（せいせんしょくたい）とは、雌雄異体の生物で性決定に関与する染色体。性染色体以外の雌雄で共通な染色体は常染色体と呼ぶ。性染色体と常染色体との区別は、動物だけではなく、一部の植物にもある<ref group="*" name="ono">小野知夫「高等植物の性決定と分化」（『最近の生物学』第4巻）</ref>。

染色体構成を常染色体および性染色体を明らかにして示すときは、常染色体の1セットを記号Aで示し、2n=2A+XY, n=A+Yなどと表記する。