1932年に建設費を渡辺甚吉からの全額寄附<ref>渡辺甚吉は、この功績により後の1972年（昭和47年）8月3日に岐阜市名誉市民となっている。</ref>により賄い設置された岐阜薬学専門学校を母体とし、1949年に設置された。

学部は薬学部のみではあるが、製造薬学科・厚生薬学科の2学科（入学定員120名）があり、大学院博士前期・後期課程が併設されている。2006年度入学生からは、薬学部6年制導入によりこれまでの2学科を改め、卒業すれば薬剤師国家試験受験資格を得られる6年制の薬学科（入学定員100名）と、研究者育成のための4年制の薬科学科（入学定員40名）に再編成された。薬科学科は卒業しただけでは薬剤師国家試験受験資格は得られないが、薬学研究科修士課程修了と1年間の実習を経ることで受験資格を得ることができる。

中期日程入学試験を採用しており、地方公立大学には珍しく岐阜県出身の学生は10%程度。2004年卒業生の薬剤師国家試験合格率90.3%。大学院在籍者を含む学生総数、約640名。専任教官65名（内博士号取得者52名）。