原子（げんし、Atom）という言葉には以下の二つの異なった意味がある。

== 概説 == Atomという言葉は、元はギリシャ語のAtomonであり、「分割できないもの」という意味である。

古代ギリシャのデモクリトスらによって、原子論という仮説が唱えられた。

物質にそもそも本当に最小構成単位があるのかどうかについては、人類の歴史始まって以来、明らかにされたことはない。なお、カントの時代よりすでにこの問題は指摘されている。「アンチノミー」も参照のこと。

後述するような歴史的経緯によって、「原子」という言葉が、その原義と矛盾するような、物質のひとつの構成単位にすぎないものに割り当てられてしまったので、その後「（仮説的な）分割不可能な単位」という概念を指すために「素粒子」という言葉が新たに造語され、現在ではそれが広く用いられるようになっている。つまり、かつて「原子論」と呼ばれる分野で行われていた推察・考察は、現在では「素粒子論」と呼ばれる分野において行われている。

冒頭定義文の2番目の意味での原子（=中間構成単位としての原子）は、分割可能で下部構造があるのでその要素の組み合わせによって、同一種のものと判定されたり、異種のものと判定されたりすることになる。現在発見されているものだけでも約3000種類存在し、数え方によっては約6000種類に達する。しかし、電子の数（陽子の数）を基準とし、それが等しいものを同じ原子と考えた場合は、約110種類の元素にまとめることができる。個々の原子の境界面は、外側に位置する電子の性質上、厳密に言えばはっきりとしないものであり、確率的に分布している、いわば雲状に分布している、などと説明される（電子雲参照）。しかし、一般にほぼ球状と理解されている。半径は10^-8cm程度、質量は種類によって異なるが、10^-24～10^-22gである。分子は複数の原子が共有結合によって結びついたものである。種類は少ないものの1個の原子から成り立っている分子（単原子分子）も存在する。