南京博物院（なんきんはくぶついん）は中華人民共和国江蘇省南京市に位置する歴史博物館。北京故宮博物院と並ぶ中国最高峰の総合博物館である。中国では博物院と呼ばれるのは北京と南京のこの2箇所のみである。中華民国時代に首都の総合博物館として計画・設計された。

南京市城内の東部、中山門の内側にある公園、半山園にある。南京博物院のすぐ近くにある中山門は、日中戦争時に旧日本軍がここから南京市内に入城した場所である。

場所は中山東路312号、敷地面積は8万3,000平方m。