分子（ぶんし）とは、電荷的に中性な1つ以上の原子から構成される物質である。分子は常温、常圧環境下においては第18族元素の場合に一個の原子で分子を形成するが、多くの場合は同種あるいは異なる元素の原子が複数個集合して分子が形成される。前者を単原子分子と呼び、後者を多原子分子と呼ぶ。つまり希ガス以外の分子は多原子分子である。

見方を変えるならば、分子は連続したポテンシャル表面を共有する永続的な化学結合により結びつれられた原子の集団である。化学結合に結び付けられた分子内の原子は内部エネルギーにより振動しているので、分子の構造は必ずしも静的ではない。分子内の化学結合の乖離や新しい結合の生成し構成する原子の組み換えが起こると分子の種類、すなわち物質の変化として認識される。（化学反応に詳しい）あるいは分子から電子が付加あるいは脱離したものはイオンと呼ばれる。

英語のmoleculeという語は、ラテン語の「量」あるいは「塊」を意味するmolesと縮小辞のculaに由来する<ref>『世界大百科事典』（参考文献）</ref>。