上下分離方式（じょうげぶんりほうしき）とは、鉄道・道路・空港などの経営において、下部（インフラ）の管理と上部（運行・運営）を行う組織を分離し、下部と上部の会計を独立させる方式である。狭義の上下分離方式は、下部と上部が別組織となっていることである。下部・上部管理組織が同一であっても、補助金や会計上の面では上部と下部を分離しているものに「上下分離方式」と通称する場合があり、これは広義の上下分離方式であると言える。

一般には、中央政府・自治体や公営企業・第三セクター企業などが土地や施設などの資産（下）を保有し、それを民間会社や第三セクターが借り受けるなどして運行・運営（上）のみを行う営業形態をとられることが多い。逆に、民間企業がインフラを保有し、公企業や第三セクター・他の民間企業などが施設を借りて運営するケースも見られる。特に鉄道の場合、運行事業者とインフラ整備主体とが原則として別人格であって、インフラの整備に公的が関与する場合、すなわち運営への会計・財政責任と施設への会計・財政責任が異なる場合を、広く上下分離方式と呼称する。

この方式を導入する事により、運行・運営会社は固定資産税など諸税を払う必要はなくなるばかりか、資産の維持更新も国・自治体などが行うため、経営の負担が少なくなり運行・運営会社単体では収支が改善されるが、上下分離により全体での収支が不鮮明になるため、実際の経営が悪くても経営改善や廃止がおろそかになる恐れもある。（上下一体での経営だと経常収支や国・自治体からの赤字補填が明確になる。)そのため、赤字の付け替え、粉飾決算との批判もある。(実際、赤字を少なく見せるために上下分離方式に変更される例もある。)