三大始祖（さんだいしそ）とは現在のサラブレッドの直系父系祖先を可能な限り遡った場合に辿り着くダーレーアラビアン（Darley Arabian 1703）・バイアリーターク（Byerley Turk 1679）・ゴドルフィンアラビアン（Godolphin Arabian 1724）の3頭の種牡馬の事である。

日本では上記それぞれの父系子孫で、これらの父系を発展させたエクリプス（Eclipse 1764）・ヘロド（Herod 1758）・マッチェム（Matchem 1748）の3頭を指す場合もある。特に、～系と呼ぶ場合後者が使われることが非常に多く、注意を要する。混同を避けるため前者を三大始祖、後者を三大基礎種牡馬として区別する場合もあるが、英語圏で三大基礎種牡馬（three foundation stallions）と言った場合、ダーレーアラビアン、ゴドルフィンアラビアン、バイアリータークの3頭を指す。他に三大根幹種牡馬等とも言う。