プエルトリコ海溝（プエルトリコかいこう、英：Puerto Rico Trench）は西インド諸島、プエルトリコのすぐ北側に東西に伸びる海溝。全長は約800km、最深部は8,605mに達し、大西洋で最も深い。なお大西洋にはプエルトリコ海溝とサウスサンドウィッチ海溝（South Sandwich Trench）しか存在しない。

この海溝で地震が発生すると大きな津波ができ、プエルトルコ海岸に大きな被害を与えると予想されている。