ハーマン・ジョーゼフ・マラー（Hermann Joseph Muller、1890年12月21日 - 1967年4月5日）はアメリカの遺伝学者。ショウジョウバエに対するX線照射の実験で人為的に突然変異を誘発できることを発見した。この業績により1946年にノーベル生理学・医学賞を受賞している。精子バンクの提唱者でもある。

ニューヨークに生まれコロンビア大学で学位をとる。トーマス・ハント・モーガンの研究室に入り、ショウジョウバエを用いた遺伝学研究に携わった。世界恐慌を機に社会主義に目覚める。マラーの実験室にはソ連から複数の人間が訪問しており、違法な左翼学生新聞The Sparkを編集し、配布を手伝ったため、FBIに共産主義者として調査されていた。1932年にベルリンに旅行し、ニールス・ボーアやマックス・デルブリュックなど当時の重要な物理学者と会う。ナチス政権を嫌い、また共産主義に惹かれていたことからアメリカに戻らず、1933年に妻や息子と共にレニングラードに移住する。ソ連でニコライ・ヴァヴィロフに迎えられたマラーは幅広い権限が与えられ、ソビエト連邦科学アカデミーなどで遺伝学の研究を指導する。しかし、勢力をつけてきたルイセンコとスターリンに批判され、1940年にアメリカに帰国し、マンハッタン計画の顧問となり、1945年に任命を解かれる。政治活動の過去は就職を困難にさせたにも関わらず、インディアナ大学で動物学の教職を得た。

1946年にX線によって突然変異が誘導できること（人為突然変異）を発見し、遺伝子が物質からできていることの証拠となり、その後の分子生物学の誕生にも影響を与えた。また彼はX線照射による染色体への影響を観察し、逆位や欠失など様々な染色体異常を記載している。この過程で染色体末端の構造テロメアの定義も行った。

1955年、ラッセル＝アインシュタイン宣言に署名した。

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