スーパー中枢港湾（スーパーちゅうすうこうわん）とは、日本の特定重要港湾のうち特定国際コンテナ埠頭（次世代高規格コンテナターミナル）の形成により国際競争力の強化を図ることが特に重要なものとして政令により指定されている港湾。法令上の呼び名は「指定特定重要港湾」。

特定重要港湾-重要港湾-地方港湾という港湾法上の港格が、港湾施設整備における国費充当率の違いを規定するのに対し、スーパー中枢港湾は、国家的見地でみた日本のコンテナ港湾の重要度を示す、中枢国際港湾-中核国際港湾の上位概念と位置づけられる。従ってスーパー中枢港湾であっても、岸壁、航路、防波堤などの基本施設整備における国費充当率は、あくまで特定重要港湾としてのそれである。